Mljetska oblast je cerkev dodelila frančiškanom tretjega reda. Cerkev je bila obnovljena, samostan pa razširjen s pomočjo lokalnih prebivalcev v 16. stoletju. Frančiškani so živeli v samostanu in svoj čas, ki ga niso preživeli ob molitvi ali delu, namenili prepisovanju verskih knjig, napisanih v glagolici. Sestavljata ga križni hodnik in vodnjak v središču, ki izvira iz 17. stoletja. Muzej, ki hrani zbirko cerkvenih umetnin in arheoloških eksponatov iz okolice, se nahaja v frančiškanskem samostanu Svete Marije Magdalene.
